CIP清洗系统能保证一定的清洗效果，提高产品的安全性；节约操作时间，提高效率；节约劳动力，保障操作安全；节约水、蒸汽等能源，减少洗涤剂用量；生产设备可实现大型化，自动化水平高；延长生产设备的使用寿命。CIP清洗的作用机理化学能主要是加入其中的化学试剂产生的，它是决定洗涤效果主要的因素。
酸、碱洗涤剂的优点有：酸洗能通过化学反应去除钙盐和矿物油等残留；碱洗能通过皂化反应去除脂肪和蛋白等残留。
缺点有：水洗性差。
灭菌剂的优点有：杀菌效果迅速，对所有微生物有效；稀释后一般无毒；不受水硬度影响；在设备表面形成薄膜；浓度易测定；易计量；可去除恶臭。
缺点有：有特殊味道；需要一定的储存条件；不同浓度杀菌效果区别大；气温低时易冻结；用法不当会产生副作用；混入污物杀菌效果明显下降；洒落时易沾污环境并留有痕迹。
CIP清洗系统的影响因素
1.物料与清洗表面的吸附力
污染物或残留料液和被清洗体表面的吸附力越大，越难以清洗。
2.清洗体表面粗糙度
被清洗体表面越粗糙，越难以清洗。一般设备罐内表面的粗糙度要求Ra≤0.4 μm。
3.清洗时间
一般来说，清洗的时间越长，效果则越好。但在工业化生产中必须保证生产的速率，通常清洗时间为2～3倍的完全覆盖时间。整个在位清洗流程的每一步，都以清洗时间为运行时间。
4.清洗温度
如果存在蛋白类物质，尽可能在不改变其性质的情况下去除蛋白类物质，预冲洗需要在合适的温度下进行。后续的冲刷和洗涤应该在更高的温度下进行，一般为60～80 ℃，以提高洗液溶解其他污染物质的能力。
5.清洗液的浓度和形式
根据洗涤剂的去污能力以及其残余漂洗的难易程度选择合适的洗涤剂。
